O mişcare de mică amploare a clericilor a fost înfiinţată pentru a proteja populaţia de banditism şi extorcările de bani care erau la ordinea zilei. Aceşti membri ai mişcării, din vestul Kandaharului, şi-au spus talibani.Rândurile lor au fost îngroşate în curând de mii de pashtuni, educaţi în seminarii, de-a lungul frontierei cu Pakistanul. Aceste seminarii au proliferat în timpul mandatului preşedintelui pakistanez Muhammad Zia-ul-Haq, din perioada 1977-1988,  şi au ajutat milioane de refugiaţi afgani. Aceste sanctuare au fost sponsorizate de partidul religios Jamiat Ulema-e-Islami (JUI), care şi-a mobilizat studenţii să pună mâna pe arme alături de talibani.

Talibanii au fost bine primiţi de populaţia speriată de război, pe măsurăce s-au extins în afara Kandaharului. Mişcarea acestora a restabilit ordinea în baza jurisprudenţei Hanafi Islamic, influenţată de obiceiurile pashtunilor.

Pakistanul şi-a asumat un rol crucial în susţinerea talibanilor. Sub conducerea mullahului Mohammad Omar, un ethnic afgan pashtun care a fost comandant mujahedin în timpul jihadului antisovietic, talibanii au ocupat sudul Afganistanului, în 1994. Serviciile de securitate pakistaneze şi-au transferat sprijinul de la principalul partid mujahedin către gruparea talibană, în ideea că îi vor putea manipula pe clericii talibani şi să îşi asigure un regim favorabil în Afganistan.

O altă forţă externă importantă din Afganistan a fost al-Qaeda. Osama bin Laden, sauditul exilat care a finanţat şi susţinut luptătorii arabi afgani în timpul luptelor antisovietice, a fost expulzat din Sudan în 1996 şi a revenit în Afganistan pentru a construi o grupare teroristă. Mullahul Omar l-a protejat pe Bin Laden, care la rândul său a oferit resurse şi capacităţi tehnice talibanilor.

Odată ce talibanii au capturat oraşul Kabul în 1996, au declarat Afganistanul emirat islamic, iar mullahul Omar a devenit şef de stat şi a instalat clerici la conducerea instituţiilor naţionale. Talibanii au înfiinţat Departamentul pentru Promovarea Virtuţii şi Prevenirea Viciilor, pentru a impune o interpretare puritană a shariei. Poliţia aplica bătăi celor care încălcau edictele talibane, inclusiv cele privind portul de barbă de către bărbaţi şi al veşmintelor burqa în cazul femeilor, care să le acopere din cap pînă în picioare. Talibanii au închis şcolile de fete şi au interzis femeilor să muncească, astfel că numeroasele văduve de război au fost nevoite să cerşească, iar multe şcoli au fost închise din lipsă de profesori.

În 1998, talibanii au ajuns să controleze 90% din Afganistan, iar după două decenii de război ţara era între cele mai sărace ţări din lume.

Restricţiile severe ale talibanilor au nemulţumit numeroşi afgani, iar după capturarea Kabulului, Alianţa Nordică a devenit principala forţă militară şi politică de opoziţie din Afganistan. Liderul Alianţei Nordice, Ahmed Shah Massoud, a fost asasinat de agenţi ai al-Qaeda cu două zile înainte de atacurile de la 11 septembrie 2001 din SUA. După ce talibanii au respins ultimatumul american pentru predarea lui Osama bin Laden, după atacurile din 11 septembrie, forţe speciale americane au invadat Afganistanul, alături de Alianţa Nordică şi unele forţe afgane pashtune. Regimul mullahului Omar s-a dezintegrat, iar conducerea acestuia a fugit în Pakistan.

După căderea Kandaharului în decembrie 2001, afgani proeminenţi au conturat guvernul posttaliban, la o conferinţă de la Bonn sponsorizată de Naţiunile Unite, la care talibanii nu au fost invitaţi.

Poate fi negociat un accord cu afganii Talibani? În prezent, Forţele Naţionale de Securitate Afgane şi-au asumat rolul major de a combate talibanii, într-o perioadă în care calitatea vieţii populaţiei se îmbunătăţeşte treptat. Mulţi afgani beneficiază de progrese în domenii ca educaţie, libertatea presei şi respectarea drepturilor femeilor, mai ales în centrele urbane, dar acestea rămân fragile.

Succesul viitor al forţelor afgane nu este asigurat. Un raport al Naţiunilor Unite din 2014 arată că talibanii afgani par să îşi extindă controlul asupra unor zone din sudul, estul şi nordul ţării. Retragerile de soldaţi internaţionali au coincis în general cu reducerea controlului autorităţilor de la Kabul în unele districte, se arată în raport, iar o analiză comandată de Pentagon anticipează că trendul se va accentua în anii următori, astfel că rămân semne de întrebare legate de perspectivele securităţii regionale şi ale unei păci durabile. Talibanii doresc să fie recunoscuţi ca actori politici legitimi, dar există întrebări fără răspuns legate de obiectivele lor. Mişcarea talibană vrea restaurarea emiratului, sau ar accepta constituirea republicii islamice?Vor renunţa talibanii la terorism şi la legăturile cu al-Qaeda?

Liderii afgani, la rândul lor, trebuie să analizeze concesiile pe care le pot face în schimbul păcii. Mulţi actori politici, inclusiv susţinătorii drepturilor femeilor şi succesorii Alianţei Nordice, nu vor dori diluarea drepturilor obţinute din 2001.

Statele Unite şi aliaţii din NATO trebuie să decidă dacă să se retragă din Afganistan conform programului deja stabilit sau să adopte o strategie mai flexibilă, în funcţie de capacitatea forţelor afgane de a asigura securitatea ţării.

Aliaţii trebuie să dezbată şi rolul lor, după 2014. Oficial, misiunea lor este de a antrena, consilia şi asista forţele afgane şi să conducă operaţiuni antiteroriste împotriva urmaşilor al‑Qaeda. Dar informaţii de la sfârşitul anului 2014 arată că preşedintele Obama a extins misiunea pentru a permite operaţiuni de luptă împotriva talibanilor şi a altor grupări.

Extinderea prezenţei militare a SUA poate contribui la restabilitatea regională. În schimb, accelerarea retragerii trupelor internaţionale poate  elimina argumentul talibanilor, că luptă cu ocupaţia străină.

O altă întrebare este dacă Pakistanul poate să îşi reseteze relaţiile cu Afganistanul şi India. Autorităţile de la Islamabad trebuie să decidă dacă să menţină sprijinul pentru militanţii islamişti din Afganistan sau să schimbe relaţiile cu Kabulul. Mulţi experţi regionali în securitate consideră că serviciile pakistaneze de securitate favorizează actualul statu-quo, ca un mijloc de protecţie. Dacă talibanii vor înregistra câştiguri majore, dacă va izbucni un război civil sau regimul de la Kabul nu va reuşi să controleze ţara, atunci Islamabadul va deţine un canal de influenţă în Afganistan.

După atacul din decembrie 2014 asupra unei şcoli publice din Peshawar, guvernul din Pakistan s-a exprimat împotriva ideii de a cultiva relaţiile cu talibanii "buni” şi de a lupta cu cei "răi”. Premierul Sharif a anunţat că Pakistanul va renunţa la această distincţie şi va continua războiul cu terorismul până la eliminarea acestuia.